Le Docob a déterminé un certain nombre d'actions ou de bonnes pratiques nécessaires à mettre en place pour maintenir ou restaurer le bon état de conservation des habitats et espèces remarquables.
Pour chaque propriétaire, usager ou collectivité du site, il existe un dispositif permettant d’agir concrètement sur notre territoire.
Les actions préconisées peuvent avoir un coût important qu'il est n’est pas forcément facile de supporter. C'est pourquoi des contrats Natura 2000 (pour les surfaces non agricoles) et des mesures agro-environnementales (MAE) (pour les surfaces agricoles), prévoient une aide financière publique pour la réalisation de ces opérations.
Enfin, la Charte Natura 2000 incluse dans le Docob prévoit une série de "bonnes pratiques" d’ordre général (non apport d’intrants chimiques, de semences extérieures, d'espèces invasives…) et d’ordre particulier en fonction de l’habitat et des espèces visés.