Le site Natura 2000 « Vallée de la Boutonne » se situe essentiellement sur la partie deux-sévrienne du bassin versant de la rivière Boutonne. Cette rivière évolue sur les départements des Deux-Sèvres et de la Charente-Maritime et se jette dans le fleuve Charente.
Le site "Vallée de la Boutonne" concerne la rivière Boutonne ainsi que ses affluents principaux et les fonds de vallées associés (La Belle, la Béronne, la Berlande, la Bellesébonne et la Boudoire). Ce site fait partie du réseau Natura 2000 au titre de la directive "habitats", il concerne 25 communes (vingt-quatre en Deux-Sèvres et une en Charente-Maritime).
6 habitats d’intérêt communautaire sont présents sur le territoire (végétations aquatiques, végétations et pairies de bord de cours d’eau, ainsi que des pelouses sèches sur certains coteaux calcaires). Le site est également remarquable par la présence de 16 espèces faunistiques d'intérêt communautaire.
Dans cette partie sud des Deux-Sèvres, les paysages sont marqués par une géologie calcaire. Les principaux affluents - la Belle, la Béronne et la Berlande - serpentent dans des vallées encaissées de 15 à 30 mètres. Ces eaux rejoignent la Boutonne, formant de vastes zones humides et un réseau hydraulique de plaine. Enfin, les eaux convergent sur un même bras - c'est les "gros cours" de la Boutonne. Dorénavant, les reliefs s'estompent, la rivière s’écoule en plaine vers la Charente-Maritime.
Coteaux et larges zones humides de bord de cours d’eau forment l’identité de ce territoire modelé par l’homme. La mise en valeur agricole des terres et la construction d’un immense réseau de biefs et de moulins utilisant la force hydraulique des rivières permirent au territoire de tirer sa richesse depuis des siècles. Ces activités ont créé des conditions favorables à l'installation d'une faune et d'une flore remarquable, qu’il convient désormais de protéger.
Le site « Vallée de la Boutonne » s'étend sur une surface de 7333 hectares. Il a été intégré par l’État dans le réseau européen des sites Natura 2000 par arrêté ministériel le 13 avril 2007.
